配子选择是指选择对基因频率的影响，可发生在配子上，称为配子选择。配子选择技术的大型海藻育种方法，根据两性生殖大型海藻孢子体和配子世代基因表达的重叠性，按照育种目标对配子（含配子体）世代进行选择，筛选出符合育种目标的配子，再利用筛选出的配子结合藻类培养技术培育出合乎育种目的孢子体。